O IHGC nasceu da política de interiorização implementada, a partir do ano de 2002, pelo Instituto Histórico e Geográfico de Mato Grosso, que propôs a abertura de Institutos em alguns municípios polos de Mato Grosso, começando com a instauração do modelo-piloto na cidade de Cáceres.
Entre os objetivos estava a preocupação em dar relevo à cultura, à história e à geografia, bem como estimular pesquisas sobre geografia e história do interior do Estado e sua ambiência social e política, contribuindo com a compreensão da realidade mato-grossense.
Esta proposta foi encampada por um grupo de professores e representantes da sociedade cacerense, materializando-se de forma jurídica, através da elaboração do Estatuto que definiu a sua proposta, organização, funcionamento e forma de associação.
A primeira diretoria foi aclamada em reunião realizada no Museu Histórico Municipal ,no dia 19 de dezembro de 2002, ocasião em que se procedeu os encaminhamentos para a posse dos sócios e a instalação solene do IHGC, na sede da Secretaria Municipal de Turismo - SEMATUR, no dia 15 de março de 2003, considerada então a data oficial de fundação do Instituto.
Presidiram o Instituto dsde a sua criação os associados, Professora Vera Lúcia da Rocha Maquêa, César Davi Mendo, Luiz Emidio Dantas (falecido)e atualmente Olga Maria Castrillon Mendes.
Desde a sua fundação, o Instituto tem procurado manter suas reuniões ordinárias e se fazer presente junto à sociedade cacerense.
Constituiu, ao longo dos anos, um acervo bibliográfico, formado por obras doados pelo IHGC MT, por particulares e pelos sócios pesquisadores.
Atualmente, tem sua sede em uma sala cedida pela viúva do Prolessor Natalino, Olga Castrillon Mendes, anexa à Biblioteca do mesmo, à rua Riachuelo esquina com a Frei Ambrósio.