Die Josua-Gemeinde Schenefeld entstand aus einem 1988 in Schenefeld gegründeten Hauskreis der Josua-Gemeinde Hamburg-Ottensen.

Auf der Bundesratstagung am 20.05.2004 wurde die Josua-Gemeinde Schenefeld als eigenständige Gemeinde in den Bund Evangelisch-Freikirchlicher Gemeinden in Deutschland (Baptisten) aufgenommen.

Der erste eigene Gottesdienst wurde 1992 in den Räumen der Paulskirche in Schenefeld gefeiert.

Vom 1994 bis 2010 mietete die Gemeinde Räumlichkeiten in der Hauptstraße 59.

Im Jahr 2009 erwarb die Gemeinde das ehemalige Bürogebäude Achter de Weiden 10, in das sie nach umfangreicher Sanierung und Umbau Anfang 2010 umzog.