Ο Σιδηροδρομικός Σταθμός Ηρακλείου βρίσκεται επί της γραμμής Σιδηροδρομικού Κέντρου Αχαρνών - Διεθνούς Αερολιμένα Αθηνών και πήρε το όνομά του από τον δήμο Ηρακλείου, τον οποίο εξυπηρετεί. Εγκαινιάστηκε στις 30 Ιουλίου 2004. Βρίσκεται στην επιφάνεια του εδάφους, στη νησίδα της Αττικής Οδού και διαθέτει κεντρική αποβάθρα. Πριν την κατασκευή του, αναφερόταν ως σταθμός "Άνω Ηράκλειο".Ο Σιδηροδρομικός Σταθμός Ηρακλείου δεν πρέπει να συγχέεται με τον παλαιό Σιδηροδρομικό Σταθμό Ηρακλείου των Σιδηροδρόμων Πειραιώς - Αθηνών - Πελοποννήσου, ο οποίος βρισκόταν προς νότον του σημερινού σταθμού, ή με τον σταθμό Ηρακλείου του μετρό της Αθήνας, ο οποίος βρίσκεται στον χώρο του παλαιού σταθμού.