A pannonhalmi gimnáziumot és kollégiumot 1939-ben kezdték építeni. Teleki Pál miniszterelnök és az akkori főapát, Kelemen Krizosztom "olasz" gimnáziumot szeretett volna itt indítani, amelyben nagy hangsúlyt kap az olasz nyelv és kultúra oktatása.
A kezdet kezdetén tízéves korukban kerültek ide a fiúk, egy osztályban huszonöten voltak, az iskolát pedig nyolcosztályosra tervezték. A magyar és a hazai bencés iskolák történetében teljesen új megoldásnak számított, hogy a gimnázium és a kollégium egybeépült. Az osztályközösség a diákotthonban is együtt maradt, egy hálóban lakott, az osztályfőnök pedig többnyire diákotthoni nevelő (prefektus) is volt.
A pannonhalmi iskolát 1948 júniusában államosították, a monostorral összekötő folyosókat lefalazták.
Az iskola mint bencés gimnázium 1950-ben indulhatott újra és egyike volt annak a nyolc katolikus gimnáziumnak, amely a kommunizmus éveiben is fennmaradhatott Magyarországon.