Pondok Pesantren Al-Fathaniyah mempunyai Struktur Keorganisasian diantaranya Majelis Permusyawaratan Santri (MPS), Pengurus Pusat (PP) dan Pengurus Wilayah (PW) yang mempunyai tugas Membimbing, Membina dan Mengarahkan dalam hal edukasi yang positif.