Sesuai dengan amanat yang tersurat dalam Pembukaan UUD 1945 dan desakan masyarakat Banyumas akan kebutuhan pendidikan tinggi, para pemimpin formal dan informal Banyumas menggagas perlunya didirikan perguruan tinggi/universitas di wilayah Banyumas. Sebagai tindak lanjut gagasan ini dibentuklah Yayasan Pembina Universitas Jenderal Soedirman dengan Akte Notaris No. 32 tanggal 20 September 1961. Selanjutnya, atas desakan masyarakat, dinas instansi, dan TNI, Yayasan Pembina Universitas Jenderal Soedirman berusaha mewujudkan berdirinya universitas. Dengan Surat Keputusan Presiden RI No. 195 tertanggal 23 September 1963, berdirilah Universitas Jenderal Soedirman secara resmi didirikan, dan diresmikan oleh Menteri PTIP Prof. Dr. Tojib Hadiwidjaja bertempat di rumah Dinas Residen Banyumas.

Pada awalnya Universitas Jenderal Soedirman memiliki tiga fakultas, yaitu Fakultas Pertanian (pelimpahan dari Universitas Diponegoro Semarang), Fakultas Biologi, dan Fakultas Ekonomi. Dalam perkembangannya, Unsoed membuka beberapa fakultas lagi, yaitu: Fakultas Peternakan, Fakultas Hukum, Fakultas Ilmu Sosial dan Politik, Fakultas Kedokteran dan Ilmu-ilmu Kesehatan, dan Fakultas Sains dan Teknik.

Saat ini Universitas Jenderal Soedirman telah memiliki 11 program diploma tiga, 34 program studi S1, 3 program Gedung Unsoed Baruprofesi, yang tersebar dalam delapan fakultas. Di samping itu Universitas Jenderal Soedirman juga telah membuka sembilan (9) program pascasarjana jenjang strata 2 yaitu Program Magister Manajemen, Magister Ekonomi Manajemen, Magister Ekonomi Pembangunan, Magister Ilmu Hukum, Magister Administrasi Publik, Magister Ilmu Lingkungan, Magister Ilmu Tanaman, Magister Sumber Daya Ternak, dan Magister Biologi. Unsoed akan membuka program doktoral (S3) Biologi dan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan.

Universitas Jenderal Soedirman atau akrab disapa dengan UNSOED, adalah satu dari 92 perguruan tinggi negeri di bawah administrasi Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan RI. Berdiri pada 23 September 1963 melalui Keputusan Presiden RI No. 195 Tahun 1963, kampus yang terletak di Purwokerto, ibukota Kabupaten Banyumas ini, secara historis didirikan sebagai jawaban atas kebutuhan masyarakat akan pendidikan tinggi di wilayah Karesidenan Banyumas (Kabupaten Banyumas, Cilacap, Purbalingga dan Banjarnegara) di mana pada tahun tersebut, hanya tersedia dua kampus negeri di wilayah Jawa Tengah dan DI Yogyakarta, yakni di Yogyakarta dan Semarang. Karakter geografis, sumberdaya dan kultur di wilayah Karesidenan Banyumas, kemudian melahirkan kekhasan UNSOED sebagai universitas yang bercirikan perdesaan dengan senantiasa berpegang pada nilai-nilai kearifan lokal.

Pengabadian Jenderal Soedirman (1916-1950) sebagai nama almamater, adalah representasi dan aksentuasi bahwa beliau merupakan putra terbaik bangsa kelahiran tatar Banyumas. Kiprahnya yang luar biasa dalam Perang Kemerdekaan mendudukkan beliau sebagai satu-satunya orang dengan jabatan Panglima Besar dalam historiografi kemiliteran Indonesia hingga sekarang. Selain tersebut di atas, nama tersebut juga merefleksikan ikatan batin dengan TNI Angkatan Darat, karena sumbangsih institusi berseloka Kartika Eka Paksi ini tidak dapat dipungkiri turut mewarnai kehadiran kampus yang berada di kaki Gunung Slamet ini, melalui peranan Jenderal TNI Dr. AH Nasution, Letjen TNI Gatot Subroto, Letjen TNI A Yani dan Mayjen TNI dr. Azis Saleh dalam mengkomunikasikan kehendak masyarakat Banyumas pada pemerintah pusat. Adalah sosok R. Soemardjito (Residen Banyumas), Letkol Soegiharto (Komandan Korem 071/Wijayakusuma), R. Soeroso, SH (Koordinator Kejaksaaan Karesidenan Banyumas), R. Kriharto (Inspektur Kepolisian Karesidenan Banyumas) dan Dr. HR Boenjamin, merupakan figur-figur yang bersama-sama seluruh masyarakat Banyumas bahu-membahu merealisasikan hadirnya suatu perguruan tinggi negeri.

Pada awal berdirinya, UNSOED terdiri dari 3 fakultas, yakni Pertanian, Biologi dan Ekonomi. Seiring dengan perkembangannya, UNSOED kemudian bertambah 5 fakultas lagi, yakni Peternakan (1966), Hukum (1981), Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (1985), Kedokteran dan Ilmu-ilmu Kesehatan (2007) dan Serta Sains dan Teknik (2007). Sejak 2010, UNSOED diperkuat dua lembaga baru, yakni Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LPPM) dan Lembaga Pengembangan Pembelajaran, Penjaminan Mutu dan Kerjasama (LP3K) di samping adanya Program Pascasarjana.

Sejak didirikannya, UNSOED telah dipimpin Sembilan rektor, yakni R. Soemardjito (1963-1965), Brigjen TNI RF. Soedardi, SH (1965-1974), Brigjen TNI Drs. Soedaman Hadisoetjipto (1974-1982), Prof. R. Djanuar (1982-1986), Prof. Roediro (1986-1992), Prof. Soebardi (1992-1996), Prof. Rubijanto Misman (1997-2005), Prof. Sudjarwo (2005-2010), Prof. Edy Yuwono (2010-2013) dan sejak 2013, amanah sebagai Rektor UNSOED disandang oleh Prof. Mas Yedi Sumaryadi.

Saat ini, UNSOED memiliki sejumlah lokasi kampus, yakni Kampus Grendeng (Rektorat, Kantor Pusat Administrasi, Fak. Hukum, Fak. Ekonomi, dan Fak. ISIP, Perpustakaan Pusat, LP3M, Auditorium, Masjid Kampus, Pusat Kesehatan Mahasiswa, UPT Percetakan, Gedung Pertemuan Soemardjito), Kampus Karangwangkal Sayap Timur (Fak. Pertanian, Fak. Biologi, Fak. Peternakan, Jurusan MIPA FST, Jurusan Ilmu Budaya FISIP, Lab. Riset Terpadu dan Experimental Farm), Kampus Karangwangkal Sayap Barat (Jurusan Teknologi Pertanian Fak. Pertanian, Jurusan Kedokteran Gigi/Farmasi/Keperawatan/Kesehatan Masyarakat/Ilmu Gizi FKIK, Jurusan Perikanan & Kelautan FST, Program Pascasarjana, Pusat Kegiatan Mahasiswa, LPPM, GOR Soesilo Soedarman, Asrama dan Rusun Mahasiswa dan RS Gigi dan Mulut Pendidikan), Kampus Margono (Jurusan Kedokteran FKIK), Kampus Kalibakal (Lab Kedokteran Gigi FKIK) dan Kampus Blater (Jurusan Teknik FST)