Burung Indonesia didirikan sebagai organisasi konservasi nasional pada 2002 dengan nama resmi Perhimpunan Pelestarian Burung Liar Indonesia (BirdLife Indonesia Association). Dengan dukungan masyarakat, Burung ndonesia berusaha melestarikan burung-burung liar di Indonesia beserta habitatnya. Sebelumnya, pada 1992-2002 organisasi ini dikenal sebagai BirdLife International-Indonesia Programme.

Burung Indonesia merupakan bagian dari kemitraan global BirdLife International yang memiliki 114 organisasi di seluruh dunia.

Burung Indonesia bekerjasama dengan masyarakat untuk mengembangkan kapasitas kelompok-kelompok atau komunitas lokal dan menjalin kerjasama dengan para pihak.