Zaman kejayaan Islam telah melahirkan banyak ilmuan besar, seperti Ibnu Shina, Abu Hanifah, Abdul Qadir Jaelani, dan lain-lain. Karena pada zaman itu, pengkajian IPTEK berjalan selaras dengan pengkajian agama yang bersumber dari Al Quran. Generasi saat itu adalah generasi yang memadukan zikir dan fikir. Hal ini bertolak belakang dengan kondisi Indonesia saat ini. Indonesia dihadapkan pada dikotomi pemisahan ilmu agama dan ilmu umum (IPTEK). Manifestasinya kondisi ini adalah pemisahan kementerian yang mengurus pendidikan, yaitu "Pendidikan Agama" dikelola oleh Kementerian Agama, dan "Pendidikan Umum" dikelola oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan. Dikotomi ini diperburuk oleh berkembangnya pemikiran di kalangan umat Islam yang menganggap hanya ilmu agama yang wajib dipelajari, sedangkan ilmu umum/IPTEK kurang perlu.
Oleh karena itu, dalam rangka untuk menghasilkan generasi muslim yang memadukan zikir dan fikir, diperlukan suatu sistem pendidikan yang memadukan pendidikan umum dan pendidikan agama secara seimbang. Hal inilah yang melatar belakangi berdirinya "Yayasan Generasi Muslim Cendekia (YGMC)". Secara legalitas, YGMC secara resmi didirikan berdasarkan Akta Notaris Munawir Asari, SH dengan nomor AHU-09749.50.10.2014.
Bangunan fisik YGMC yang sudah dibangun sampai saat ini berupa Masjid, Asrama, Gedung Sekolah TK, SD, SMP IT YGMC. Sejak tahun ajaran 2015/2016, TK dan SD IT YGMC sudah menerima siswa baru dan sampai saat ini tercatat di atas 165 siswa sedang menimba ilmu. Selanjutnya secara bertahap, pada tahun ajaran 2016/2017, YGMC kembali mendapat ijin operasional pendirian SMP YGMC. Sampai saat ini tercatat sekitar 46 siswa SMP juga sedang mengenyam ilmu. Berangkat dari pemikiran dan sikap yang positif untuk membangun generasi Ulul Albab, maka pada tahun ajaran 2017/2018, YGMC juga akan membuka siswa SMK IT YGMC dengan menfokuskan pada 3 (tiga) bidang keahlian, yaitu: (1) Bidang Keahlian Pariwisata, Pogram Keahlian Perhotelan dan Jasa Pariwisata, dan Kompetensi Keahlian Usaha Perjalanan Wisata; (2) Bidang Keahlian Teknologi dan Informasi, Pogram Keahlian Teknik Komputer dan Informatika, Kompetensi Keahlian Teknik Komputer dan Jaringan; dan (3) Bidang Keahlian Agrobisnis dan Agroteknologi, Pogram Keahlian Agrobisnis Pengolahan Hasil Pertanian, Kompetensi Keahlian Agroindustri. Guna mendukung beroperasionalnya SKM IT YGMC, maka pertengahan sudah dimulai pembangunan fisik untuk 8 ruang kelas dari bantuan atau hibah Pertamina. Seluruh gedung tersebut dibangun di atas atas tanah waqaf keluarga Prof. H. Sunarpi, Ph.D seluas ± 1 ha, dan berlokasi di Jl. Sanggar Kegiatan Belajar Desa Puyung Kecamatan Jonggat Kabupaten Lombok Tengah, Nusa Tenggara Barat.