Tahun 1928

Bandar Udara El Tari Kupang, dahulu bernama Pelabuhan Udara Penfui, terletak di bagian selatan Pulau Timor di Daerah Kabupaten / Kota Madya Kupang Kecamatan Maulava Desa Penfui Kampung Tuameko. Bandar Udara El Tari berjarak lebih kurang 13 km dari Kota Kupang dan berada di ketinggian 102 meter di atas permukaan laut, merupakan salah satu pintu gerbang transportasi dari dan ke Nusa Tenggara Timur.

Pada awalnya Bandar Udara ini adalah bekas peninggalan jaman penjajahan Belanda yang hanya berupa Airstrip. Untuk pertama kalinya Bandar Udara ini didarati pesawat udara pada tahun 1928 oleh penerbang Amerika bernama Lamij Johnson.

Tahun 1944

Selanjutnya lapangan terbang ini dikembangkan oleh Australia pada sekitar tahun 1944-1945 yang diberi nama Lapangan Terbang Penfui. Nama Penfui ini berasal dari bahasa Timor yakni Pena = Jagung, Fui = Hutan. Disebut demikian tidak lepas dari kondisi geografis daerah ini yang dahulu merupakan hutan jagung atau banyak ditanami jagung oleh penduduk sekitarnya. Sampai saat ini produk jagung ini masih merupakan kebanggaan dari masyarakat Nusa Tenggara Timur.

Sejak tahun 1945 – 1960

Pelabuhan Udara Penfui dikuasai dan dipergunakan untuk kepentingan Angkatan Udara. Tanggal 6 Mei 1950 Lapangan Terbang Penfui diserahkan oleh militer Belanda kepada Pemerintah Republik Indonesia dan dengan berkembangnya kebutuhan akan Angkutan Udara pada tahun 1960 mulai didarati oleh pesawat Garuda jenis DC 3. Penanganan dan pengaturan terhadap kegiatan penerbangannya dilakukan oleh Angkatan Udara, karena pada saat itu belum ada organisasi perhubungan udara.

Pada tahun 1966

Pelabuhan Udara Penfui mulai dikelola oleh kepala pelabuhan udara dengan dibantu bendaharawan dari Dinas Meteorologi – Departemen Perhubungan Udara, dan sejak itu dikenal dengan nama penerbangan sipil.

Tahun 1967

Pelabuhan udara ini ditetapkan sebagai pelabuhan udara kelas III. Dengan makin meningkatnya arus lalu lintas melalui Bandar Udara Kupang, maka untuk kelancaran pelaksanaan tugas dan meningkatkan fungsi bandara, maka diterbitkan Surat Keputusan Bersama antara Menteri Perhubungan, Menteri Pertahanan Keamanan dan Menteri Keuangan dengan nomor : KEP/30/IX/75, KM 393/3/PHB – 75 dan KEP. 927.A/MK/IV/8/75, yaitu tentang Penggunaan Bersama Pangkalan dan Pelabuhan Udara. Dalam surat keputusan tersebut dinyatakan Pelabuhan Udara Penfui menjadi Pelabuhan Udara Sipil Kelas II.

Tahun 1988

Sejak tanggal 20 Desember 1988, Pelabuhan Udara Penfui dirubah dan ditetapkan menjadi Pelabuhan Udara El Tari Kupang untuk mengenang jasa (almarhum) mantan Gubernur Nusa Tenggara Timur, El Tari. Istilah Pelabuhan Udara kemudian dirubah menjadi Bandar Udara sejak tanggal 1 September 1985.

Tanggal 20 Juni 1988 ditandatangani Naskah Persetujuan Bersama antara Kepala Staf TNI-AU dengan Direktorat Jenderal Perhubungan Udara, nomor : SEPERJAN/01/V/1988 DAN DJU/1861/KUM.060/SS tentang Penggunaan Sebagian Areal Tanah Pangkalan TNI - AU El Tari Kupang untuk pengembangan/ pembangunan Bandar Udara El Tari Kupang beserta fasilitasnya.

Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Perhubungan No. KM 4/1995 tanggal 13 Januari 1995 tentang Penyempurnaan dan Penataan Kelas Bandar Udara, Bandar Udara Udara El Tari ditingkatkan menjadi Bandar Udara Kelas I.

Tahun 1999

Sejak tanggal 1 April 1999, Bandar Udara El Tari secara operasional masuk ke dalam manajemen PT (PERSERO) Angkasa Pura I dengan Berita Acara Serah Terima Nomor : AU / 125 / UM.234/ 99 dan BA.25/PL.50/1999/DU tanggal 30 April 1999 dari Direktorat Jenderal Perhubungan Udara Kepada Direktur Utama PT (PERSERO) Angkasa Pura I. Penyerahan ini sebagai tindak lanjut dari Surat Menteri Keuangan No.S-4608/A/53/1997 tanggal 08 Oktober 1997 yang pada dasarnya menyetujui penggabungan Bandar Udara El Tari Kupang ke dalam manajemen PT (PERSERO) Angkasa Pura I, menghapuskan dari daftar inventaris Departemen Perhubungan dan ditetapkan sebagai tambahan Penyertaan Modal Pemerintah ke dalam PT (PERSERO) Angkasa Pura I.

Sebagai pengelola Bandar Udara selanjutnya, PT (PERSERO) Angkasa Pura I mengadakan perbaikan dan perluasan terminal ataupun fasilitas lainnya secara bertahap antara lain perluasan ruang kedatangan domestik di tahun 2006, penggantian fasilitas VASI dengan PAPI pada tahun 2007 dan pembuatan jalan langsung ke Gudang Kargo pada tahun 2008

PJP2U atau Pelayanan Jasa Penumpang Pesawat Udara, atau Passanger Service Charge (PSC) atau sering disebut juga Departure Charge adalah pelayanan yang diberikan oleh sebuah bandar udara kepada para Calon Penumpang Pesawat Udara, adapun jasa yang dimaksud adalah meliputi:

Jasa Keselamatan Penerbangan :

Yaitu jasa yang diberikan agar operasi penerbangan dapat terselenggara dengan selamat, untuk itu maka bandara harus dilengkapi dengan fasilitas keamanan penerbangan, seperti X-Ray Baggage maupun X-Ray Cabin,serta Searching Room, termasuk para petugas nya.

Jasa Keamanan Penerbangan :

Yaitu jasa yang diberikan agar kondisi dan situasi di bandara selalu terjaga dan terkendali keamanannya, untuk itu bandara harus dilengkapi dengan petugas jaringan CCTV untuk memantau seluruh kegiatan di bandara, termasuk petugasnya.

Jasa Pelayanan :

Yaitu jasa yang diberikan agar para penumpang merasa nyaman saat berada di bandara, untuk itu bandara harus dilengkapi dengan ruangan tunggu, penyejuk ruangan, dan fasilitas penunjang seperti toilet, loket pembayaran, restoran, mushalla, nursery room , trolley, informasi penerbangan dan lain-lain.