SMK Negeri 3 Merauke pada tahun 2000 didirikan Oleh Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Propinsi Papua melalui SK. Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor:....2000 .

SMK Negeri 3 Merauke diresmikan tanggal 17 Juli 2000 di Kabupaten Merauke dengan Tiga bidang keahlian yaitu,Teknik Elektro,Teknik Mesin dan Teknik Bangunan. Dengan Kepala Sekolah Yang Pertama Bapak. Drs. Jan Enoch(alm) Dari Tahun 2000-2004. SMK Negeri 3 Merauke adalah sekolah Teknologi Negeri pertama di Kabupaten Merauke yang dapat menampung kurang lebih 700 siswa pertahun pelajaran baik dari kabupaten Merauke,Mappi,Asmat dan Boven Digiel. Sekolah ini terus berkembang setiap saat mulai dari Status SMK Besar 2005,SMK Nasional 2006, dan 2008 menjadi Rintisan Sekolah bertaraf Internasional.
Periode Kepala SMK Negeri 3 Merauke :


1. Drs. Jan Enoch(alm) 2000-2004
2. Marthen Rummar,S.Pd. Plt. 2004-2007
3. Marthen Rummar,S.Pd. 2007-sekarang