Konsulat Malaysia Pekanbaru, Riau, Republik Indonesia telah ditubuhkan pada 22 November 1982 yang diketuai oleh Encik Yahaya Abdul Jabar sebagai Konsul Malaysia pertama ke Pekanbaru. Penubuhan Konsulat Malaysia Pekanbaru ini telah dipersetujui oleh Jemaah Menteri melalui Kertas Jemaah Menteri mengenai penubuhan Konsulat Bil. 180/1342/82 bertarikh 25 mei 1982. Sejak ditubuhkan 28 tahun yang lalu, Konsulat telah beroperasi di tida buah bangunan yang di sewa iaitu pertama di sebuah banglo beralamat Jalan Diponegoro No. 32 , Pekanbaru dan kemudian telah berpindah kali kedua ke bangunan di No. 59 Jalan Diponegoro pada 1987 sehingga 30 September 2009.Mulai 1 Oktober 2009, Konsulat telah beroperasi di bangunan baru beralamat di Jalan Sudirman Simpang Tiga, Pekanbaru.

Dari segi kakitangan, Konsulat Malaysia Pekanbaru terdiri daripada 5 home-based staff (HBS) iaitu 3 pegawai dari Kementerian Luar Negeri dan 2 pegawai dari Jabatan Imigresen Malaysia serta 14 Kakitangan Ambilan Tempatan (KAT) yang kesemuanya Warganegara Indonesia. Konsulat Malaysia Pekanbaru sekarang diketuai oleh Konsul, Encik Hardi Hamdin yang merupakan Konsul Malaysia ke sepuluh.