Stasiun Wates merupakan stasiun kereta api kelas II yang terletak di Wates, Wates, Kulon Progo. Stasiun yang terletak pada ketinggian +18 m ini termasuk dalam Daerah Operasi VI Yogyakarta. Stasiun ini adalah satu-satunya stasiun kereta api di Kabupaten Kulon Progo yang melayani naik turun penumpang.Letak stasiun ini sangat strategis karena berdekatan dengan Alun-alun Wates. Stasiun ini memiliki lima jalur dengan jalur 1 sebagai sepur lurus arah hilir, jalur 2 sebagai sepur lurus arah hulu, jalur 3 untuk pemberhentian kereta api. serta jalur 4 dan 5 untuk parkir ataupun bongkar muat batu balast dari dan ke gerbong angkutan ballast .Ke arah barat stasiun ini, sebelum masuk Stasiun Wojo, Jawa Tengah, terdapat Stasiun Kedundang yang sudah nonaktif sejak tahun 2007 karena pembangunan jalur ganda Yogyakarta-Kutoarjo. Sedangkan ke arah timur, sebelum Stasiun Sentolo, terdapat Stasiun Kalimenur yang sudah nonaktif lebih awal, yaitu tahun 1975, akibat minimnya penumpang yang naik kereta di sana.