Stasiun Yogyakarta atau disebut Stasiun Jogjakarta — juga dikenal sebagai Stasiun Tugu — merupakan stasiun kereta api kelas besar yang terletak di Kota Yogyakarta. Stasiun yang terletak pada ketinggian +113 meter ini merupakan stasiun terbesar yang berada dalam pengelolaan PT Kereta Api Indonesia Daerah Operasi VI Yogyakarta, Kota Yogyakarta, dan Daerah Istimewa Yogyakarta. Stasiun ini beserta rel KA yang membujur dari barat ke timur berada di Kecamatan Gedongtengen. Stasiun ini melayani pemberangkatan dan kedatangan hampir semua kelas kereta api, kecuali KA kelas ekonomi subsidi. Stasiun besar lainnya di Kota Yogyakarta, yaitu Stasiun Lempuyangan, khusus hanya melayani kelas ekonomi dan KA lokal/komuter.Stasiun Yogyakarta terbagi menjadi dua emplasemen, yaitu emplasemen utara dan selatan. Emplasemen utara memiliki lima jalur dengan jalur 5 sebagai sepur lurus pertama dan emplasemen selatan memiliki tiga jalur dengan jalur 3 sebagai sepur lurus kedua.Dahulu di stasiun ini terdapat dua percabangan jalur di sisi barat stasiun yang saat ini sudah dinonaktifkan semua. Jalur pertama ke utara menuju Magelang dan berakhir di Parakan. Bekas jalur Jogja-Magelang ini dapat dilihat di beberapa tempat di Jalan Tentara Pelajar, Yogyakarta. Jalur ini juga bercabang di Secang menuju Museum Kereta Api Ambarawa melalui Tuntang hingga berakhir di Kedungjati yang kini juga dinonaktifkan. Jalur yang kedua, ke arah selatan menuju Palbapang di Kabupaten Bantul. Bekas jalur ini juga masih terlihat di beberapa tempat, salah satunya adalah yang sekarang menjadi lapangan parkir di sisi barat laut Keraton Yogya.