המועדון הוקם בשנת 1988 ע"י שלמה ראובן (מנהל האגודה כיום).
תחילה, התאמנו האתלטים במגרש דשא קטן (היכן שכיום יש פארק לספורט אתגרי בצמוד לאיצטדיון שכיום).
בשנת 1990 עברו האתלטים להתאמן באיצטדיון.
בכל שנה ושנה עלתה הקבוצה ליגה ומשנת 1990 ועד היום נמצאת אגודת "הפועל חולון" בליגת העל ואף בין המובילות בארץ.
בשנת 1994, עם הקמת התאחדות בתי-הספר, הוקם מרכז המצויינות. המרכז מנה בראשיתו 13 בתי ספר מכל האזור ונוהל על ידי שלמה ראובן. עם ההתמנות שלו למנהל "היכל הספורט קציר" החליף אותו בתפקיד רפי גרודצקי שכבר אז אימן באגודה.
רפי, המאמן הראשי של האגודה, מאמן כיום בחטיבת הביניים "זלמן-ארן" ובתיכון ק"ש ומכשיר את הדור הצעיר של האתלטים בחולון במגמת האתלטיקה היוקרתית.
יחד עם רפי, מאמנים גם עמית גולדיאן (שהיה האתלט שלו) אפי, ולב.
למאמנים של חולון ישנם אתלטים המייצגים את ישראל בתחרויות שונות בארץ ובתחרויות בינלאומיות.

*מאמנים נוספים שאימנו בעבר באגודה:
גלאון קפלנסקי, זוהר שדה, אריה יעקובי, דודי קושניר ומאמנים עולים. הידוע ביניהם ייבגני גגואה שאימן את אלופת ישראל דאז ב100 ו200 מ' גלית מרצקי.
בעבר אימן רמי זמיאן קבוצת רצים בריצות הבינוניות ביניהם שרון לב, אילן מורדי, שמעון פרנסקי ונועם דרסה. כולם בעלי תוצאות מעולות עד היום. בנוסף היו לנו רצי מרתון אולימפיים שאמנם לא גדלו אצלנו אך עם הגעתם לקבוצה לא עזבו אותה עד לפרישתם . הבולטים נילי אברמסקי, זבדיה וודג, ואסף בימרו.
כולם ראו בחולון בית ראוי מכל הבחינות.