文部科学省が実施しているスーパーグローバル大学事業のトップ型指定校である。概観大学全体大阪大学は、1838年（天保9年）に緒方洪庵により設立された適塾を直接の源流としている。適塾は1868年（明治元年）に閉鎖されるが、翌1869年（明治2年）設立の浪華仮病院および仮医学校に教師・塾生が移籍し、これが改組・改称を経て現在の大阪大学医学部となっている。当時、長崎へ遊学した慶應義塾創立者である福澤諭吉が蘭学では適塾が最先端を行っているということを教えられ、この塾へ入門し1857年（安政4年）には第10代塾頭となっている。なお、大阪大学は、懐徳堂（1724年 享保9年 設立）とも関係がある。懐徳堂は1869年に閉鎖されるが、1910年（明治43年）に懐徳堂記念会の設立（後に財団法人化）、最後の預人中井桐園の嫡子中井天生（中井木菟麻呂）らの尽力で、1916年（大正5年）の重建懐徳堂の設立により再興を果たした。戦後の1949年（昭和24年）になり、懐徳堂記念会が懐徳堂蔵書を大阪大学に寄贈したことで両者の繋がりができた。現在、財団法人懐徳堂記念会事務局は大阪大学文学部内にあり、大阪大学が初期の懐徳堂に関するものも含めて管理している。しかし、懐徳堂と重建懐徳堂との間には半世紀近い空白があり、教育機関としての歴史的連続性がないため、大阪大学は懐徳堂を同大の学問的系譜とは言うものの、同大の前身とは言及していない。大阪医学校を母体に1915年（大正4年）に府立大阪医科大学へ改称、1931年（昭和6年）に国へ移管されると同時に、台北帝国大学に続く第8番目の帝国大学となる。