Chùa Ishiyama Hongan là một pháo đài trọng yếu của Ikkō-ikki, nhóm các nhà sư chiến binh và nông dân chống lại luật lệ samurai. Nó được xây dựng năm 1496, ở cửa sông Yodo, trên bờ biển nội địa Seto. Thời đó, nó ở ngay gần di tích thủ phủ cũ của Naniwa, ở tỉnh Settsu. Thực chất, khảo cổ học gần đây đã phát hiện ra rằng, ngôi đền được xây dựng trên nền của một cung điện hoàng gia. Thành phố phát triển ở vùng xung quanh, gắn liền với Ishiyama .Liên Như, người truyền giáo vĩ đại của Tịnh độ chân tông, an dưỡng tuổi già ở khu vực này năm 1496, mở đầu với hàng loạt sự kiện sẽ dấn đến việc định hình thành phố lớn thứ hai nước Nhật. Các tài liệu vào thời đó miêu tả khu vực nghỉ ngơi của ông là một khu vực đất dốc lớn, là lần đầu tiên khu vực này được gọi bằng cái tên đó, sau này thay đổi một chút thành Osaka, rồi trở thành thành phố lớn thứ hai nước Nhật. Mặc dù, Rennyo muốn tìm một nơi biệt lập để nghỉ ngơi trong yên tĩnh, ông nhanh chóng thu hút nhiều người sùng đạo và đồ đệ. Ngôi chùa nhỏ mà Liên Như cho xây dựng dần được mở rộng và rất nhiều nhà cửa và công trình được dựng lên cho những cư dân mới. Khi Liên như qua đời ba năm sau đó, hình dáng và kích thước của chùa Ishiyama Hongan nói chung đã được định hình.Sau khi chùa Yamashina Mido bị phá hủy năm 1532 ở Kyoto, chùa Ishiyama Hongan trở thành trung tâm của môn phái Ikkō, là nơi nảy nở môn phái Ikkō-ikki. Đóng góp của những người sùng đạo được thu thập thông qua hệ thống các người môi giới, chủ yếu đặt ở Sakai gần tỉnh Izumi.