Pedagoginis muziejus įkurtas 1922 m. Kaune. Jo įkūrimo iniciatoriumi ir ilgamečiu vadovu buvo žymus pedagogas, vadovėlių autorius, visuomenės veikėjas Vincas Ruzgas (1890–1972).
II-ojo pasaulinio karo metais muziejus buvo uždarytas. 1958 m. muziejus pavadinamas Respublikiniu pedagoginiu muziejumi, o jo eksponatai vėl tampa prieinami lankytojams. 2002 m. muziejus pervadintas Kauno apskrities pedagoginiu muziejumi, o nuo 2010 m. Lietuvos švietimo istorijos muziejumi. Per visus savo gyvavimo metus muziejus net 9 kartus keitė patalpas ir pastaruoju metu gyvuoja buvusios profesinės mokyklos patalpose.