Sekolah ini telah dirasmikan pada 14 haribulan Jun 2003 oleh Yang Amat Berhormat Dato’ Seri Utama Tan Sri Haji Mohamad Isa B Dato’ Haji Abdul Samad, bekas Menteri Besar Negeri Sembilan Darul Khusus.
Walaubagaimanapun sekolah ini telah membuat penukaran nama dari Sekolah Menengah Senawang Dua ke Sekolah Menengah Seri Pagi pada 24 September 2005 yang dirasmikan pula oleh YAB Dato’ Seri Utama Hj. Mohamad Bin Hj Hasan, Menteri Besar Negeri Sembilan Darul Khusus.

Sekolah ini mula beroperasi pada awal tahun 2000. Pada peringkat awal tenaga pengajar seramai 38 orang dan bilangan pelajar seramai 803 orang seterusnya melaksanakan segala impian serta wahana yang tergarap dalam FPN. Dengan bantuan tenaga sokongan pentadbiran dan pengurusan sekolah yang terdiri daripada 9 orang sekolah ini mampu bersaing dengan sekolah-sekolah lain di sekitarnya.

Pengetua pertama sekolah ini ialah Tuan Haji Jamali Bin Salam. Mulai tahun 2001, sekolah telah ditadbir oleh Puan Hajah Sharifah Azizah Bt Syed Zin , dan telah melakar sejarah dalam pelbagai aktiviti sehingga mampu bersaing dengan sekolah sekitar termasuk program keceriaan, kebersihan dan keselamatan. Mulai Disember 2006 pengetua yang mentadbir sekolah ialah Pn Hajah Afsah Bt Abd Hamid dan pada tahun 2010, sekolah ini telah ditadbir oleh pengetua cemerlang iaitu Pn Siti Aloyah Bt Alias.

Bermula dengan pelajar perintis seramai 803 orang , jumlah pelajar sekolah ini meningkat menjadi 1718 pada tahun 2004. Pengambilan pelajar adalah dari sekolah rendah berdekatan seperti SK Seri Pagi, SK Tasik Jaya, SK Senawang dan SK Sri Mawar. Kebanyakan mereka tinggal di kawasan berhampiran dengan sekolah ini seperti Taman Cempaka, Taman Rasa Sayang , Taman Dahlia , Taman Rose Mewah, Taman Desa Ixora, Taman Satria, Taman Alamanda , Lavender Height , Taman Tasik Jaya dan Taman Sentosa Jaya.

Sekolah ini juga telah berupaya menubuhkan Persatuan Ibu Bapa Dan Guru pada bulan Februari tahun 2000. Upacara perasmian penubuhan PIBG ini telah disempurnakan oleh ADUN Senawang YB Dato’ Woo Ah Lek. Pengerusi pertamanya ialah Encik Azman Bin Abdul Jalil. Dengan bantuan PIBG sekolah ini telah mengorak langkah dan dalam usia yang begitu singkat berjaya melahirkan pelajar yang berketrampilan dalam bidang akademik, sukan, permainan dan lain-lain.

Setelah tujuh tahun beroperasi , dengan peningkatan jumlah pelajar , maka bermula tahun 2002, sekolah telah melaksanakan Sistem Persekolahan Dua Sesi iaitu Tingkatan 1 dan 2 di sesi petang, manakala Tingkatan 1, 2 dan 3 aliran agama, 4 dan 5 di sesi pagi. Manakala mulai tahun 2005 sekolah telah membuka kelas Tingkatan 6 iaitu tingkatan 6 Rendah UM dan UKM. Pada tahun 2006 pula penambahan dua lagi kelas telah dibuat untuk menampung pelajar-pelajar tingkatan 6 Atas UM dan UKM. Mulai tahun 2009 sehingga kini, nama-nama kelas yang digunakan ialah Hibiscus, Bourgainvillea, Lavender, Alamanda, Carnation, Ixora, Rose, Rafflesia, Jasmine, Orchid, Lily dan Daisy.