De terp van Hogebeintum werd bewoond vanaf 600 voor Christus. Het dorp waarin de terp stond wordt reeds in de 9e eeuw genoemd als 'Bintheim'. In de 10e eeuw is het dorp blijkbaar gesplitst, want er is dan sprake van een 'Westerbintheim' en een 'Osterbinetheim' (Oosterbeintum). Westerbeintum wordt vanaf de 15e eeuw gespeld als Hogebeintum. Hoge verwijst naar de hoogte van de wierde en Beintum naar buntgras (ook bentgras, bint), een grassoort die nu niet meer voorkomt bij het dorp.

Terpen deden dienst tot de opkomst van de dijken, na 1800 zijn veel terpen geheel of gedeeltelijk afgegraven voor de zeer vruchtbare grond. Dit gebeurde in Hogebeintum met tussenpozen tussen 1870 en 1928.

Met 8,80 meter boven NAP is het de hoogste terp van Friesland, Nederland en Duitsland. Door zetting (of bodemdaling) van de grond is de hoogte van de terp in de loop der tijd afgenomen; in het verleden moet de terp nog hoger zijn geweest. De omvang van de terp bedroeg oorspronkelijk ongeveer 9,5 hectare en de doorsnee ongeveer 300 meter. Tussen 1904 en 1907 werd er een groot grafveld uit de vroege middeleeuwen gevonden. In het Fries museum is een reconstructie te zien van het gezicht van de terpdame uit de 7e eeuw.[1]

Sinds 1999 is de officiële naam van het dorp het Friestalige Hegebeintum, voorheen Hogebeintum.