De doelstelling van het Fonds Bijzondere Journalistieke Projecten is het verlenen van financiële steun aan journalistieke projecten, biografieën, essays en andere vormen van non-fictie van bijzondere kwaliteit. Het gaat om projecten die zodanig tijdrovend van aard zijn dat zij naar verwachting zonder deze financiële steun niet tot stand zullen komen. De projecten moeten resulteren in boeken of artikelen voor krant, weekblad of tijdschrift. De steun wordt verleend in de vorm van een subsidie aan individuele journalisten/auteurs.

Naast reguliere subsidies verleent het Fonds ook startsubsidies en vooronderzoeksubsidies. Het Fonds beheert ook het Boy Tripfonds dat steun verleent aan bijzondere wetenschapsjournalistieke projecten. Tevens reikt het Fonds jaarlijks de prijs uit voor het beste Nederlandstalige journalistieke boek, de M.J.Brusseprijs, en heeft het een samenwerking met het NIAS-instituut dat ruimte biedt aan een journalist-in-residence.