El Museo Raimondi fue inaugurado en 1981 como resultado de la política institucional de preservar el legado y vigencia de la obra del viajero naturalista más importante de la historia del Perú republicano: el milanés Antonio Raimondi. Llegado a Lima en 1850, el sabio italiano recorrió por diecinueve años todo el territorio peruano, realizando investigaciones en diversos campos de la ciencia. Naturalista enciclopédico, su obra destaca en especialidades como la arqueología, botánica, cartografía, etnografía, geografía, geología, zoología, etc. Resultado de su incesante labor científica son un nutrido grupo de documentos, parte importante de los cuales son cautelados por el Museo y mostrados al publico en sus salas de exhibición, como folios manuscritos, fotografías, dibujos, acuarelas, planos, cartas, cuadernos de apuntes, entre otros.

A lo largo de sus treinta años de vida, el Museo Raimondi ha ocupado dos locales. El primero abrió sus puertas junto a la antigua sede del Colegio Raimondi, disponiendo de un edificio propio con acceso directo desde la Av. Petit Thouars. En la actualidad está situado en la nueva sede del tradicional colegio, sito: Av. La Fontana 755, distrito de la Molina, cuidad de Lima - Perú.