Pelabuhan Johor adalah pelabuhan pertama di Johor, Malaysia. Pelabuhan ini terletak di Pasir Gudang, sebelah tenggara negeri Johor. Dibangun pada tahun 1977 oleh Lembaga Pelabuhan Johor sebagai sebuah pelabuhan serbaguna untuk hampir semua kargo, Pelabuhan Johor merupakan pelabuhan Malaysia yang merupakan zona perdagangan bebas. Bea hanya dikenakan jika kargo dilepaskan untuk penjualan di pasar lokal.
Pada Januari 1993, Pelabuhan Johor Sdn. PT, sebuah perusahaan milik pemerintah, mengambil alih Pelabuhan Johor dari Lembaga Pelabuhan Johor yang didirikan pada tahun 1973. Pelabuhan Johor diswastakan pada Agustus 1995 ke Seaport Terminal Sdn. PT. Pada April 2005, Seaport Terminal Sdn. PT. adalah pemegang saham yang terbesar dengan pegangan saham sebanyak 51.74%.