為提升行政院各部會對雲嘉南地區民眾之服務效能，參照行政院南部、中部及東部聯合服務中心模式，爰增設本中心，強化及建構雲嘉南區域溝通協調機制平台，並促進區域均衡發展。衡酌雲嘉南區四個縣市之交通可及性、服務便利性以及臺鐵、高速公路匯集等因素，擇定設置於嘉義市。
（一）合署辦公之各部會建制單位：
１、內政部移民署南區事務大隊嘉義市服務站。
２、外交部雲嘉南辦事處。
（二）組成任務編組單位之相關部會：內政部、外交部、國防部、財政部、教育部、交通部、文化部、勞動部、衛生福利部、本院環境保護署、本院農業委員會、原住民族委員會、客家委員會。
中心主任
現任：卓榮泰（行政院秘書長兼主任）
中心執行長
現 任：許根尉