嘉義醫院的前身即為雲嘉地區稱頌的「嘉義大病院」，創建於民國前17年10月(西元1895年，光緒21年，明治28年)，距今已有121年的悠久歷史，是嘉義地區第一個醫療機構。
民國前6年3月、4月(西元1906年)嘉義地區兩次大地震，院舍崩毀，無法修復。由總督府特撥款重建院舍，民國前5年竣工。民國30年12月又遇大地震，僅存第三病房為傾塌，時值二次大戰，物質缺乏，復建工程極為困難，曾有將本院廢止之議，民國48年獲美援新台幣1228萬元，省府撥款350萬元，改建鋼筋混凝土四層大樓，於民國50年12月完工，並分別於民國62、72及75年陸續擴建完成，達到原文化路院區的規模。民國88年台灣精省後，改名為行政院衛生署嘉義醫院，97年獲新制醫院評鑑特優合格。102年7月23日，配合行政院組織改造成立「衛生福利部」，醫院名稱由「行政院衛生署嘉義醫院」改為「衛生福利部嘉義醫院」。
目前總病床數389床，員工人數約423人，為地區醫院。衛生福利部嘉義醫院並以「成為嘉義地區首選之社區健康醫院」為醫院願景，以照護民眾健康、配合政策、關懷弱勢為醫院使命，關懷、誠信、創新主要核心價值為建立安全，落實以病人為中心，適時效率，公正優質醫療保健服務機制，提供符合社區民眾健康需求之服務，發展醫院特色專長及追求卓越，提昇醫療服務水準，並積極拓展「強化急性醫療、深耕社區營造、發展長期照護」的策略主題，成為守護社區民眾健康的好厝邊。