本系歷史沿革
民國五十三年由創辦人王趁先生結合醫藥界與教育界先進籌創「私立嘉南藥學專科學校」，民國五十五年奉教育部核准立案，以培養從事醫藥、衛生及管理等健康科學專業人才。
民國68年發生多氯聯苯汙染食品重大安全事件，政府部門為解決食品安全問題及因應食品產業的快速發展所需的相關管理人才，鼓勵學界培育食品相關領域人才，據此本校於民國69年特設立「食品衛生科」五年制專科部，歷經二專部(76年)，二技部的學制(85年)，89年度本校改制科技大學招收四技部學制學生，停止專科部招生；民國92年為因應社會環境變遷、專業的發展特性及學生就業需求等變革，配合學校及學院之中長程發展目標下更名為本系，將現有四技部學制發展成具有特色的「食品科技專業人才」培育園地。現學制有日四技12班，進修部4班。
本系自92學年度課程融入勞委會就業學程「畢業即就業」之目標，縮短學用落差，並依據專業的發展特性，配合學校及學院之中長程發展目標，在課程規劃上適度調整，適時修正(見97-101年中程發展計畫)。培育目標如下：提供完備的專業訓練，訓練學生具備食品科技專業知識外，並依學生屬性及個人學習特質，規劃三大模組教育目標，在專業課程區分為：發展特色課程-「食品衛生人員-食品安全及品質保證管理人才」模組課程，並提供多元學習課程-「食品製造人員-食品製造及生技食品產製管理人才」及「食品開發人員-食品研發及行銷人才」模組課程，以培育食品科技專業人才，並依據產業需求，持續申辦勞委會就業學程，提供多元學習，導入業師協同教學，重視學生解決問題之能力養成，以符合系發展特色及培育目標。
為積極拓展產學合作效能，93年成立「有機暨保健食品科技發展中心」，95年在民生學院杜平惪院長整合推動下成立「嘉民團隊」，本系由鍾玉明教授建置檢驗實驗平台，並積極擴展產學合作服務功能，產學合作量能，績效不斷的攀升，屢創新高。98學年度杜平惪教授及王淑珍教授獲經濟部學界科專二年期計畫；第二期計畫(101-104)年庚續獲經濟部學界科專補助。97學年度與大陸福建中醫藥大學簽訂合作辦學計畫，本系教師支援食品專業課程授課，也同時啟動學生交流機制。
本系創系系主任為陳瑞雲教授，其後之系主任分別為葉東柏教授、范晉嘉教授、杜平悳教授、王淑珍教授、及邱致廣副教授(現任)。本系擁有堅強的師資陣容，以及具理論與實務的課程設計，創系迄今所培育的學生遍及國內食品相關產業，以及大學、高職端相關系科，系友向心力強。系友會組織由陳佳慧教授籌劃，在99.01.28獲得內政部立案通過，進一步凝聚系友力量。本系成立迄今三十三年，在校方及全系師生的共同努力下持續不斷的發展，瞻望願景，本系將秉持教育目標，全力培育食品科技專業人才。